Muzeum se objeví na ulici Valovaya, poblíž kanálu Raduni - v malebném a nepřeplněném rohu Starého Města. Toto místo je nesmírně významné jak pro polskou, tak pro evropskou historii. Blízko předválečného období, kdy Gdaňsk nesl název „Svobodné město Danzig“a byl neutrálním územím pod kontrolou Společnosti národů, je polská pošta. V meziválečném období to byla jedna ze dvou polských státních institucí ve městě (druhým byl Vojenský tranzitní sklad na poloostrově Westerplatte). Proto se 1. září 1939, první den druhé světové války, pošta stala jedním z hlavních cílů nacistických vojsk a navzdory hrdinskému odporu poštovních zaměstnanců (někteří z nich zahynuli v bitvě nebo později zemřel na následky zranění, zbytek popravili nacisté), byl jimi zajat. Nyní v budově spolu s poštou sídlí muzeum a nedaleké náměstí je pojmenováno po obráncích polské pošty. Toto pamětní místo doplní Muzeum druhé světové války, které má být otevřeno v roce 2014, v roce 75. výročí jejího začátku.
O tom, který projekt muzea si zaslouží realizaci, rozhodli předseda poroty, místostarosta Gdaňsku Wieslaw Bielawski, polští architekti Grzegorz Bucek, Wieslaw Chabanski a Wieslaw Gruszkowski, zástupci mezinárodní architektonické komunity Daniel Libeskind, Hans Stiman a George Ferguson, stejně jako historik Wojciech Duda, ředitel londýnského muzea, britského polského původu Jack Lohman a designér Andrzej Pongowski. Členové poroty hodnotili celkem 240 projektů z 33 zemí.
Ceny byly uděleny sedmi účastníkům, kteří sdíleli cenový fond ve výši 200 tisíc eur. Tři hlavní ceny převzala kancelář Kwadrat (její projekt bude realizován), polský workshop Piotr Płaskowicki & partnerzy a řeckí architekti Betaplan. Peněžní ceny získaly také bulharské, turecké a dvě polské kanceláře.
Na jaře roku 2010 zveřejnil oficiální web budoucího muzea výzvu Donalda Tuska ke konkurenčním architektům. Polský premiér navrhl, že „koncepce muzea a jeho další vývoj bude do značné míry záviset na architektonické podobě“. A tak se stalo: Jacek Droszcz, vedoucí ateliéru Kwadrat, dokázal ve své práci skutečně částečně předurčit rozhodnutí muzejní expozice. V rozhovoru pro polský deník Gazeta Wyborcza Trojmiasto hovořil o symbolice jeho verze muzea: budoucí návštěvníci si prohlédnou expozici, počínaje podzemní částí („je to jako peklo generované válkou“) a končí věž s výhledem na panorama obnoveného města Gdaňsk. Čas a prostor jsou zde základní kategorie. Děsivé cestování v čase začíná v žaláři; návštěvník muzea se vrací do moderny až po zvednutí na úroveň terénu. Věž na konci výstavy symbolizuje budoucnost, která nahrazuje minulost a přítomnost.
Porota poznamenala, že budova navržená studiem Kwadrat dává návštěvníkovi pocítit hrůzu války, ale zároveň mu nezbavuje naděje do budoucnosti. Složité téma je podle odborníků správně zveřejněno. Hodnota budovy se zvyšuje díky její univerzálnosti; věž muzea je tedy zcela konstruktivním vynálezem: stane se nádhernou vyhlídkovou plošinou. Prostor muzea nebyl vytvořen jen proto, aby vyprávěl o minulosti, ale aby se ve stejné míře stal místem volného času obyvatel a hostů moderního Gdaňsku.
Je zajímavé poznamenat, že samotná skutečnost stavby muzea byla zpočátku posuzována nejednoznačně. Například zástupce regionální ochrany památek Marian Kwapiński vyjádřil znepokojení nad ochranou historické zóny města, ale úspěšný projekt dokázal rozptýlit všechny pochybnosti.
Architekti druhého místa Piotr Plaskowicki & partnerzy uvedli, že jejich muzeum je spíše „anti-budova“. Podle jejich projektu je na břehu kanálu mohutná tmavě červená zeď s ostrými zuby nahoře, vedle ní kontrastuje rovnoběžnostěnný pavilon. Tyto dva prvky jsou od sebe odděleny krytým prostorem - chodníkem pro chodce. Tento projekt není o nic méně symbolický než vítěz prvního místa. Porota v něm viděla převrácení historických období - vojenských i moderních, příběh ničení a oživení.
Myšlenka dílny Betaplan je založena na obdélníku rozděleném do několika fragmentů. Vytvořili nový tvar, přičemž části původního obdélníku umístili v náhodném pořadí ve vzdálenosti od sebe. Výsledkem jsou budovy spojené společným překrytím, které tvoří platformu: návštěvníci na ni mohou vylézt. Muzeum řecké kanceláře porota vysoce ocenila za to, že se jeho autorům podařilo „pocítit“Gdaňsk a úspěšně budovu zapadnout do panoráma města. Ukázalo se to však jako nedostatečné, protože tato možnost dosáhla pouze městského měřítka a organizátoři chtějí z budoucího muzea udělat skutečně národní a dokonce celoevropskou instituci.
Podle listu Gazeta Wyborcza Trojmiasto bylo 4. ledna 2011 přijato usnesení o financování projektu Muzea druhé světové války. Na jeho konstrukci a uspořádání bude vynaloženo 358 milionů zlotých (asi 120 milionů dolarů). Dnes je muzeum považováno za prioritní budovu: to znamená, že i v obtížném pokrizovém období mu bude věnována prioritní pozornost, protože muzeum věnované válce bude stále spojováno s jakýmkoli způsobem překonávání překážek a oživení.
