Komplex muzea je rekonstruovaná elektrárna z počátku 20. století, zděná stavba s neoklasicistní štukovou výzdobou, do které jsou zapuštěny krystalické tvary charakteristické pro Libeskind. Z vnějšku se četly jako kubické a protáhlé modré nerezové svazky vyčnívající z podlah budovy. Jsou ve formě dvou písmen hebrejské abecedy - „klobouk“a „jód“, které společně tvoří motto Libeskindova projektu L'Chaim, což znamená „k životu“. Jsou však čitelné, pouze pokud se na budovu podíváte shora, což je pro průměrného návštěvníka muzea nepřístupné.
Ve vestibulu muzea je zeď naproti vchodu lemována zvýrazněnými reliéfními liniemi tvořícími slovo „pardes“, což znamená „Edenova zahrada“, a také symbolizující čtyři úrovně chápání Tóry. Tento prvek projektu je ale také obtížně vnímán kvůli ostrým ohybům v hale.
Na hlavní - první vrstvě komplexu - je také hlediště (na jehož stropě je abstraktně zobrazena mapa Svaté země), vzdělávací centrum a galerie. Ve druhém patře jsou administrativní prostory a stejnojmenná výstavní síň vepsaná do obrovské krychle písmene „jod“osvětlená 36 polygonálními okny.
Libeskind sám zdůrazňuje rozdíl mezi budovou v San Francisku a jeho židovskými muzei ve starém světě: kalifornská budova nemá známku katastrofy holocaustu, která je nutně přítomna v jeho evropských projektech. Jazyk architektury Libeskindu však zůstal stejný: ostré přerušované čáry, které dříve symbolizovaly historickou tragédii, by nyní měly představovat „stánky nebes“prosperující židovské diaspory na pobřeží Tichého oceánu.
