V roce 1966 byl Utzon pozastaven ze svého projektu kvůli finančním neshodám, které měl s australskými úřady. Architekti, kteří pokračovali ve výstavbě divadla, přesunuli operní sál dovnitř budovy a do projektu také přidali několik dalších sálů, které byly původně neplánované.
Výsledkem je, že hlavní sál opery má kvůli své nedostatečné velikosti průměrné akustické kvality, někteří hudebníci jeho orchestru musí sedět v hloubce 12 m ve srovnání s jevištěm a baleríny opouštějící jeviště je třeba pojistit že nenarážejí do betonových zdí: aby se mohli zastavit, prostě ne.
Utzon nyní navrhuje snížit úroveň podlahy sálu o 4 metry s využitím prostoru administrativních a technických prostor pod ním a pro ně zase vyříznout nové oddíly ve skalnatém pískovcovém podstavci, na kterém divadlo stojí. Tím se zlepší zvuk hudby a za pódiem bude více volného místa.
Sám Jorn Utzon nebude moci přijet z Dánska do Sydney: v jeho 88 letech to bude pro něj příliš obtížné. Pokud úřady projekt schválí, jeho syn Ian bude dohlížet na realizaci projektu.
