Projekt byl zahájen v roce 2001: v roce 1999 byla kontrola nad Panamským průplavem převedena ze Spojených států na panamské úřady a současně vyvstala otázka ohledně nového využití přilehlých území. Jedna ze sekcí - dříve obsazená americkou leteckou základnou - byla přidělena muzeu. Stavba začala v roce 2006, ale teprve na začátku tohoto října bylo Biomuseo otevřeno pro veřejnost - i když ještě ne úplně: několik sálů a akvárium bude připraveno až v zimě 2016.
S barevnou hliníkovou střechou by muzeum mělo připomínat živou povahu Panamy, kovové střechy místních chat a historické struktury infrastruktury kanálu. Nachází se na úzkém poloostrově vyčnívajícím do zátoky, budova je viditelná z dálky a sama může svým návštěvníkům nabídnout panoramatický výhled na město a tichomořské „ústí“Panamského průplavu.
Doba výstavby muzea, přezdívaného místními obyvateli „muzeum, které nikdy nebude dokončeno,“je vysvětlena mimo jiné nízkou kvalifikací místních stavitelů. Drsný beton podlah a stěn musel být mnohokrát znovu nalit a střecha s tolerancemi 6 mm také způsobovala mnoho obtíží.
Muzeum je však nyní nejen úspěšně postaveno, ale téměř zcela zaplněno výstavou „Most života“, kterou navrhl Bruce Mau. Za vědeckou stránku projektu byl zodpovědný Smithsonian Institution ve Washingtonu a Biomuseo se stalo jeho jediným partnerským muzeem mimo USA.
Muzeum je věnováno úžasné přírodní rozmanitosti Panamské šíje: na ploše 75 000 km2 je domovem více druhů ptáků, savců, plazů a rostlin než ve Spojených státech a Kanadě dohromady. Expozice navíc podrobně vypráví o procesu formování šíje, který začal před 12 miliony let a skončil před 3 miliony let. Jeho vzhled změnil ekosystémy a klima v planetárním měřítku: místo jediného oceánu vznikl velmi odlišný Atlantik a Pacifik, Golfský proud „začal“od vznikajícího Karibského moře a Severní a Jižní Amerika se poprvé spojila za 70 milionů let. Aktivní migrace zvířat začala podél šíje a relativně nedávno, před 15 000 lety, první lidé prošli touto cestou ze severu na jih.
Biomuseo, které stojí 95 milionů dolarů (nepočítáme-li náklady na dosud nedokončené výstavní síně), je určeno především pro školáky (plánuje se tam ročně přivést 40 000 studentů na bezplatné exkurze) a pro turisty, protože terminál výletních lodí je velmi blízko. V ideálním případě úřady očekávají od muzea „efekt Bilbao“. Podle jejich plánu by se měl stát stejným symbolem města Panamy a země Panamy, kterým se Utsonova opera stala pro Sydney a Austrálii.
