Bohatá architektonická historie komplexu začala dokončením první budovy muzea postavené v roce 1939 Philipem L. Goodwinem a Edwardem Durellem Stoneem a okamžitě se ukázalo, že tam není dost místa. Společnost Philip Johnson postavila pro MOMA další dvě budovy - v roce 1951 (nyní zbořena) a v roce 1964. Cesar Pelli přidal do komplexu výstavní prostory a také 52podlažní obytný komplex „Museum Tower“.
Taniguchi, který pracoval na projektu rekonstrukce společně s kanceláří Kon Pedersen Fox, se pokusil zachovat všechny stopy předchozí restrukturalizace a zdůraznil v nich neočekávané úhly.
Navzdory tomu, že 20. století skončilo a nejmodernější umění bylo po dlouhou dobu vystavováno v Guggenheimově muzeu, architekt nevěnoval budově intenzivní pozornost budoucnosti. Naopak zdůrazněná linearita a hladké povrchy stěn vyjadřují úplnost této historické zkušenosti.
Nové hale s fasádou ze šedého skla a černé žuly předchází soubor budov různých dob. Uvnitř, procházející řadou bílých sloupů, návštěvník vstoupí do obrovského atria, kolem kterého jsou soustředěny výstavní galerie ve všech šesti patrech. Světelné mosty na vzdálené zdi haly spojují haly na různých úrovních.
Pozdější díla jsou umístěna na nižších úrovních, raná bezpodmínečná klasika umění 20. století - nahoře.
Když se návštěvník podívá dolů z horního patra sálů, uvidí mezi světlem a rozpouští ve vzdušné architektuře nejvýznamnější díla určitého období. Při pohledu přes prosklenou stěnu jedné z fasád přístavby Taniguchi jsou Rodinův Balzac a italské sportovní vozy současně viditelné v galeriích různých úrovní.
Zvláštní místo v souboru muzea zaujímá zahrada s plačícími břízami a mramorovými mosty, která se nachází za prosklenou stěnou haly. Je umístěn na nízkých terasách, které mu dodávají prostorný nádech. Spolu s novou šestipodlažní budovou se do zahrady otevírají také staré budovy, které nyní obsahují vzdělávací centrum, filmovou knihovnu a fotoarchiv.
