Projekt přestavby sponzorovali Španělé Cruz y Ortiz, výstavu navrhl Jean-Michel Wilmotte a restaurování provedl Van Hoogevest Architecten. Úkolem architektů bylo přizpůsobit objemnou budovu hlavnímu proudu eklekticismu, postavenou v roce 1885 Petrusem (Pierre) Kuypersem, pro potřeby muzea 21. století. Svěží interiéry odváděly pozornost od exponátů, nebyl dostatek prostoru jak pro výstavy, tak pro doprovodný program, nebylo možné uspořádat stálou expozici podle jediného systému atd.
Nyní jsou všechny exponáty z 12. až 20. století uspořádány v přísném chronologickém pořadí, podle podlaží zdola nahoru a chronologie je podporována barevným schématem: barva na stěnách se postupně rozjasňuje, jak se pohybuje nahoru a dosahuje téměř bílá v sálech moderního umění. Zároveň byla všechna díla uspořádána novým způsobem, s výjimkou toho nejdůležitějšího - „Noční hlídka“od Rembrandta, který se vrátil na své dřívější místo v „Galerii cti“, kde byla díla Zlatého Vystavuje se doba holandského umění.
Architekti podle již zavedeného schématu v muzejní výstavbě zablokovali dvě nádvoří budovy se skleněnými střechami a také je prohloubili na úroveň -1 patra, když předtím odstranili pozdější přístavby, které je obsazovaly. Poté pod jedno nádvoří umístili hlediště a pod druhé muzeální obchod a kavárnu. Samotná nádvoří se proměnila v prostorná veřejná prostranství, která jsou přístupná i bez zakoupení lístku. Jejich stěny tvoří nádvoří muzea a nové povrchy jsou potaženy světlým kamenem. Antonio Cruz a Antonio Ortiz vzali v úvahu chybu Normana Fostera, na jehož nádvoří Britského muzea je jakýkoli zvuk jasně slyšitelný a dokonce se ozývá, takže v Rijksmuseum jsou zvuky tlumeny bílými mřížkami se zvukem pohlcujícím materiálem zavěšeným na stropech.
Hlavním problémem architektů však bylo spojení dvou nádvoří do jednoho celku. Historická budova má chodbu pro chodce a cyklisty uprostřed fasády, což umožňuje rychlý průchod budovou. Projekt rekonstrukce počítal s přeměnou na hlavní vchod do muzea spojující obě nádvoří, ale obyvatelé města se vzbouřili a nyní je chodba zachována v původní podobě, do muzea se dá dostat čtyřmi malými vchody a byla položena podzemní chodba pod ním, vzájemně propojující nádvoří.
Muzeum bylo pro rekonstrukci uzavřeno v roce 2003 a mělo se otevřít již v roce 2008. Desetileté období práce lze vysvětlit skutečností, že bylo nutné vyvinout obrovské úsilí o vybudování podzemních úrovní ve vodě naplněné půdě Amsterdamu a pro tak složitý projekt nebyl žádný dodavatel. Inženýři společnosti Arcadis učinili nové podzemní části budovy konstrukčně nezávislé na historické struktuře, protože pomalu ustupovala. Proto se pozemní chodba a „Galerie cti“umístěné nad podzemní chodbou mezi nádvořími nyní proměnily v „most“visící nad ní. Vykopané jámy byly okamžitě naplněny vodou, takže byly nality speciálním betonem pro podvodní práce a proces byl řízen potápěči.
Rozpočet projektu činil 375 milionů eur, zahrnuje však také výstavbu samostatného pavilonu asijského umění umístěného ve středu rybníka, adaptaci parku na sochařskou zahradu podle projektu Copijn Landschapsarchitecten (14 500 m2), výstavba vstupní budovy služebního prostoru, rekonstrukce historické Školy kreslení (Teekenschool) jako muzejního vzdělávacího střediska, stejně jako výstavba budovy muzejních dílen poblíž Rijksmuseum, sloučená s další budovou Kuypers - bývalým Institutem pro Pracovní bezpečnost a zdraví.
Renovace muzea však dosud nebyla dokončena: po dobu rekonstrukce zůstalo otevřené
křídlo Philips bude nyní přeměněno na moderní dočasný výstavní prostor. Autoři projektu jsou také Cruz y Ortiz.
