Budova se nachází na úpatí skály, na které se nachází Akropole. Vzhledem ke zvláštnostem místa je orientován podél osy východ-západ, ale zabírá celé své horní, třetí patro a galerie Parthenon je ostře nasazena ve vztahu k hlavnímu objemu budovy a směřuje na sever. To nejen umožnilo částečně vyřešit problém přehřátí v horkém podnebí, ale také vizuálně propojilo halu se sochami, které kdysi zdobily fasády velkého chrámu, se samotným Parthenonem, který se nachází necelých 300 metrů od muzea. Dynamický účinek tohoto řešení plní budovu energií; v tomto lze vidět určitý symbolický význam: zdá se, že se obrací k Akropoli, do minulosti, což odpovídá politickému poselství, které do nové budovy vložila řecká vláda: vraťme čas a vraťme pomník zpět původním stavu (nebo přinejmenším spojit všechny jeho části nyní uložené v Londýně, Paříži, Palermu, Římě).
Taková rétorika mohla ovlivnit architektonický projekt: i po vítězství Chumiho verze v soutěži v roce 2001 se v Řecku objevilo mnoho příznivců neoklasicistního designu budovy muzea. Velmi diskrétní objem skla, betonu a mramoru však poskytuje mnohem diskrétnější kulisu pro sochařskou tvorbu od období archaiky až po dobu římskou, než nějaký druh „historizující“struktury.
Vzhledem k tomu, že pod budovou byly nalezeny zbytky městské části starověku, bylo rozhodnuto ji zvednout nad zem na 100 betonových podpěr s „závěsy“, které by měly zmírnit vibrace v případě možného zemětřesení; na první pohled jsou uspořádány náhodně, ale ve skutečnosti - aby nedošlo k poškození archeologických nálezů. Základy starobylých domů lze vidět skrz otvory a prosklené plochy v podlaze přízemí muzea, kde jsou umístěny předsíň a haly dočasných výstav. Odtud návštěvník vyjde do druhého patra, kde jsou vystaveny všechny exponáty, kromě soch Parthenonu, a je zde také otevřená terasa s kavárnou. Třetí patro s „galerií Parthenon“je obdélníkový zasklený prostor, uprostřed kterého je betonový objem, který opakuje velikost cella chrámu. Slavný vlys s panathénským průvodem byl na něm znovu vytvořen z originálních dílů a odlitků.
Vážná atmosféra „chrámu umění“v muzeu bude pokračovat i přes očekávaný obrovský počet návštěvníků: hluk pohltí četné kruhové otvory v betonových zdech. Kromě absence jakéhokoli dekoru byl počet nápisů a štítků snížen na požadované minimum: nic by nemělo odvádět pozornost od exponátů. Promyšlená trasa usnadní prohlídku sbírky: od archeologických vykopávek pod budovou po archaické sochy ve druhém patře, poté do galerie Parthenon ve třetím a pak dolů k dílům helénistické a Římské období.
