Jeho otevření znamenalo konec důležité etapy rozsáhlého projektu Museum Island. Budova byla postavena v letech 1898-1904 na severním cípu ostrova podle návrhu architekta Eberharda von Ine v neobarokním stylu. Během druhé světové války byl těžce poškozen a po minimální rekonstrukci byl v padesátých letech znovu používán k vystavování sbírek mincí a medailí, byzantského umění a sbírky evropského sochařství.
Restaurování, které navrhli architekti Heinz Tesar a Christoph Fischer, stálo 152 milionů eur. Zahrnoval rozsáhlý výzkum jak v oblasti aplikovaných stavebních technologií, tak v oblasti zachování historické autenticity památky, stejně jako plánování a realizaci generální opravy budovy a její začlenění do územního plánu komplexu Museum Island (z čehož vyplývá výstavba nové budovy, která propojí Bodeovo muzeum s plánovanou „Archeologickou uličkou“procházející celým souborem).
Také bylo instalováno moderní osvětlení, poplašné zařízení proti vloupání a systémy regulace teploty a vlhkosti. Nádvoří je nyní součástí muzejního komplexu jako jeho plnohodnotná část; byla obnovena jedinečná štuková lišta a obnoveny exponáty zabudované do vnitřních stěn budovy.
Barevné schéma a výběr materiálů jsou plně v souladu s von Ineovým projektem. To je obzvláště cenné, protože za posledních 100 let pod pozdějšími vrstvami zmizel nejen původní nátěr, ale také štuková výzdoba.
